１頭投票のメリット：
　集計・投票が容易、JRA賞に準ずるのでとっつきやすく投票数が増える、
　多くの投票スレッドを用意する必要がない、投票がより厳選される、etc

１頭投票のデメリット：
　ポイント計算が容易で意図的な投票が増える、同点優勝の可能性が比較的高い、etc

３頭投票のメリット：
　投票の多様性が増える、多くの馬に投票できる、同点優勝の可能性が比較的低い、etc

３頭投票のデメリット：
　集計・投票の負担が増える、投票スレッドが多く必要になる、
　独自の投票方法なので投票数が減る、マイナーな部門での棄権が増える、etc


とまあ、双方にメリットデメリットが考えられます。
要するに、手続きを重視した場合は１頭、内容を重視した場合が３頭ということですね。
私も心情的には３頭投票のほうがいいと思っているのですが、
現状のWBを見る限りでは手続きに重点を置いたほうがいいかなと思うわけです。