ひとつの部門内でも、同じ土俵で競走をするとは限りませんよ。
たとえば３歳で言えば内国産によるクラシック路線と、○外によるマイルC〜古馬混合路線。
1998年の３（４）歳牡馬を争ったセイウンスカイ（２冠）vsエルコンドルパサー（マイルC＋JC）は、
両者が同じレースに出走したケースは（その年は）ありません。

ですが、そういった路線が異なる馬同士をそれぞれの価値観によってどちらが優秀かを判断し、
投票して「優秀馬」を決めるということこそに意義があるといえるでしょう。
（そもそも、限定された路線のみで判断するなら、事務的にもっとも好成績の馬を選べばよいのだから、
　投票自体必要ない。個人的には100%GI勝ち馬で決まる２歳牡馬／牝馬部門はいらないとさえ思っているくらい。）
ですので、「個人個人の"芝とダートの格差"の意識」を出してこそ、より有意義なものとなると思います。

そもそも、「無理に一つの部門にまとめようとする」のではなく、
できるだけJRA賞から外れないようにしたほうがいいのでは、ということです。
ダート○歳、長距離といった部門は今のところは「JRA賞では漏れてしまう馬の救済措置」
という位置づけが正しいのではないかと思います。
おそらく、芝限定にしてもしなくても、投票結果には大して影響はないと思いますが、
その投票する意義に関してはこだわりたいところです。