私は「芝限定の部門」とした方がいいと思います。
理由としては、
・総合部門とダート部門を置くことは明らかな芝偏重主義である。
勿論日本が芝優勢であることは否定しませんが、この投票でも同じようにやってしまうということはこの投票の独自性を殺いでいる印象が否めません。また、現行では４歳以上牡馬部門でも４歳以上ダート牡馬最有力のアドマイヤドンが、３歳牡馬部門では３歳ダート牡馬部門最有力のパーソナルラッシュが上位に位置することになるでしょうが、特に後者の例ではデルタブルースとパーソナルラッシュで序列をつけることが果たしていいことなのか非常に疑問です。きちんと区分を設けることで、余計な序列を排除して順当な順位決定ができやすくなるでしょう。

・芝部門、ダート部門と分けることで活躍した馬がどんな馬かがわかりやすい
私は昨年のルールで行けば、年度代表馬、４歳以上牡馬部門、障害馬部門、父内国産馬部門でブランディスを１位に据えることになります。しかし、一方できちんとルールにのっとった形で４歳以上牡馬部門でゼンノロブロイを１位に据えることが出来ない事はやはり残念でなりません。また、先ほどのように３歳牡馬、３歳ダート牡馬部門にパーソナルラッシュを重ねることも、多く投票できるこの投票の楽しみを殺いでる気がします。