やはりこれは価値観にかかわる問題なので、多数決で決定ではどちらに決まったとしても遺恨が残りそうです。
芝部門が必要なのはわかりますし、かといって過去の投票を見れば総合部門も需要がある。

ですので、

・芝部門、総合部門をそれぞれ設ける

という選択肢も必要ではないでしょうか？

結果的に投票部門がかなり多くなってしまいますが、需要を同時に満たすためには仕方なし。
また、芝部門を設けることで「総合部門には芝馬中心に投票しなければならない」という固定観念も消え、
より「平等な」視点から「世代ナンバーワン」を決定することができると思われます。
ちなみに芝部門もダートと同じ（２歳、３歳、４歳以上、牝馬、短距離）でいいと思います。