逆のパターンで見てみましょう。
A、B、Cの３頭に対して、以下のように10人の投票があったとします。
（左からA、B、C、括弧内は余ったポイント）

3-3-4 （0）
3-3-4 （0）
4-3-3 （0）
0-0-0 （10）　（該当馬なし）
2-3-2 （3）
3-3-4 （0）
0-0-0 （10）　（該当馬なし）
3-4-3 （0）
2-2-2 （4）
3-3-4 （0）

この場合、A：23点、B：24点、C：26点となり、僅差でCが受賞となります。
ところが余りを「該当馬なし」と集計していた場合、
「該当馬なし」に27点投票されていることになるのでその部門は「該当馬なし」になります。
10人中６人がポイントを使い切り、該当馬全体の得票数も3/4近いというのに、
結果としては「該当馬なし」になってしまうという方が心情的に納得できなくないですか？
しかもこの例は三つ巴のカテゴリならば十分にありえます。
そもそもこれを見れば「該当馬なし」をポイント投票で扱うこと自体も注意すべきことであることもわかります。
（三つ巴の場合、「該当馬なし」投票１つで３人分の投票に匹敵する。４頭以上が拮抗している場合はそれ以上…）

＞10人いて全員が1点しか投票しなかった場合、
＞全100ポイント中10点しか得られない馬が代表馬として選ばれるわけです。

それこそがポイント自由投票の一番の目玉だと思うんですがねえ。
全員が「この馬は10点満点で言えば１ポイントレベルの馬だ」と意見が一致しているのに、
結果は「該当馬なし」となる方が心情的に納得できませんよ。
１ポイント投票しておいてその馬が代表馬に選ばれるのが納得いかないというのなら、
はじめから「該当馬なし」に投票してください、と言うしか…。