確かにそのルールだとリアルさがあって新たな楽しみ方ができそうですね。
ただ、リスクを恐れて高額馬の指名が減ってしまい、
本当の意味でのPOG的楽しさが半減してしまう可能性があるのが難点ですね。

ただし、指名馬の決定を何らかの抽選ではなくセリ方式で行うというのは斬新だと思います。
自分の意思の及ばない抽選ではなく、ある程度自由に指名馬を変更できるので、
それなりの縛りを設けることも可能になるというのが大きいですね。
個人的には「被り禁止」でいくなら指名方法はこのセリ方式を推したいと思います。

とりあえず最低価格（100万円？）と最低単位（10万円単位？）だけ決めておき、
後はどんな高額な馬でも自分の好きな値段で指名することができるようにしてもいいんじゃないでしょうか。
たとえばだれも競りかけてこないような馬であれば100万円で指名すればいいし、
人気が被りそうだがどうしてもこの馬がほしいという場合には１億でも出すと。

ただやはりセリ方式でいくからには「締め切り間際になっての競りかけ」は避けるべきでしょうから、

・指名後、誰も競りかけずに○日たてば自動的に落札となる
（あるいは最終の競りかけから○日たった場合も同様）
・一度指名した馬は他の人の競りかけがない限り変更不可
（ただし、たとえば1000万円で競り落とした馬を何らかの理由で変更したくなった場合、
　期間中に限り1000万円を払った状態で別の馬を指名できる。
　別の人はその変更となった馬をまた100万円から指名することができる）
・一定期間終了後、上に示した落札期間を短縮する

このような取り決めは必要でしょう。ぷーさんの案とはかなり異なってしまった感はありますが、
「被り禁止」と「縛り」を両立させる方向であるならかなり有効な指名方法だと思います。