セリ方式を提案したものとして意見を言わなければいけないかなーと思い、書かせていただきます。

FallenRedLeafさん、待ちかねアカツキさんがおっしゃるとおり、「参加者全員の希望馬のみを決定→その後残りの馬から自由馬を指名」の２段階方式がいいのでしょうね。それに伴うデメリットもいろいろと書かれていますが・・・。
希望馬をゲットできなかった人や、希望馬指名時期終了後に参加したいと思った人は全馬自由馬で指名する、という形になるのかな。

>その「希望枠」に使った金額の「半分」を、「総賞金の借金額として背負う」ことにしようかと考えています。

これについては、この提案方式ですと、それほど意味無いかなーという気がします。
私の提案のなかで「半分を借金」としたのは、現実のセリなりの額から最低落札価格が決められるから意味があると考えています。
半分でしたら、その半分なりの額になると思うし、全額でしたらそれなりの額に落ち着くのではないでしょうか。

FallenRedLeafさんの「「相場感覚」がないことが成績にダイレクトに影響してしまう」という意見ですが、逆に相場感覚が求められるＰＯＧをやってみたい、というのが私の中ではありました。
私が提案した、最低指名価格を現実の価格の半分としたセリ方式ですが、サンデー産駒がいた頃にこういうＰＯＧがしたいと考えたものです。
昔の何の縛りのないＰＯＧでサンデー産駒ばかりを指名する・・・確かに有利です。しかし、現実の相場感覚とはかけ離れています。
サンデー産駒指名数縛り以外の方法で、縛りを設けることができないか、ということを考え、サンデー産駒は高いということや社台グループにおけるセリの充実もあって、この結論を出しました。
実際、この方法で自前のＰＯＧをやれるほどの甲斐性が私にはないので、今頃になってこんな場面でのこのこと提案したのですが、サンデー亡き今このルールでやるメリットも乏しいことも確かです。

あと、どうでもいい意見ですが、セリをチャットでやりたいというのがあります。ホワイトボードにはチャットが備えられていますし、最初に希望馬を出して、希望馬が被った人同士を掲示板等でスケジュール調整をし一定の時刻に集まって、誰かしらが立会人（全馬固定の人ではなくて構わないと思います）になって、セリをする。これ、やってみたいですねー。まあ、スケジュール調整が大変そうで無理でしょうねｗ

縛りは「新種牡馬の産駒の指名を１頭義務付け」に落ち着くということになりそうでしょうか。
これは個人的には賛成です。

なんか、とりとめない意見の垂れ流しで余計混乱させた感じで恐縮です。
よりいいルールでＰＯＧができること、楽しみにしてます。