そもそも借金というデメリットを負ってまでセリで取るメリットというのは
「自分の好きな馬を所有できる」という点にあると思うのですが、
うまく自由枠を使えばわざわざデメリットを負う必要がないというのであれば、
やはり希望枠を設けるなりの何らかのメリットを設ける必要がありそうですね。
ただ以前のPOGで勝負馬は管理者負担が大きすぎるという話題が出ていたように思いますし、
賞金山分けとなるとそれよりさらに負担が増えると思いますので、
このあたりは管理者のコメントがないと先に進めづらいところですね。
ただ、ぷー氏も言っておられるようにセリ方式自体がひとつの縛りとして働いているという見方もできますね。

「競りかけ」による金額上昇や参加頻度などが問題になるというのであれば、
次のような方法も考えられます。

・参加者は指名したい馬のリストのみを提出する
・参加者は他参加者にわからない方法でリストの馬の金額を管理者に提出する
　（メールなり、別の掲示板に匿名で投稿するなり）
・一定期間終了後、金額を公開する（＝セリの開始）
・リストが被った場合、金額が高いほうのオーナーの落札となり、その金額分借金となる
　（同額だった場合は先に提出していたほうのオーナー）
・リストが被らなかった場合は自動的に落札、その金額分が借金となる
・金額の変更は禁止

これならば基本的に一回の提出で一回のセリに参加できるため参加頻度は関係なく、
最低価格を設ければそれほど格差は出てこないだろうと思います。
さらにある程度先を見越した金額をつけるはずなので「競りかけられなければラッキー」というのも少なくなります。

ただ、どのような形であれセリ方式を導入するのであれば、
基本的にはいかにデメリットを回避するかというのが焦点になってくると思うので、
それほど競り合いというのは多くならないのでは、という気はしています。