仮に入札方式でやるとした場合の流れは以下のような感じになるでしょうか。

【１次指名期間】→【開票】→【２次指名期間】→【開票】→【自由指名期間】

金額についてですが、最低落札価格を設けるのは必要だと思いますが、
さらに合計金額の上限を設けるのもひとつの手でしょう。
６頭の落札合計金額が○円を超えないように指名して、その分借金を負うのではなく、
余った金額を賞金に加算するようにすればすっきりするかと思います。

で、具体的な金額なんですが前々回のPOGの最終総賞金の平均が5400万くらいでした。
（前回は勝負馬制度があったので除外します。）
そこで最低落札価格を100万円、落札合計金額を6000万円と設定すれば、
全て100万円で落札した場合のアドバンテージが5400万円となります。
数値が半端なので最低価格を500万円、合計金額を１億円としてもいいかと思います。
自由指名期間については先着順（公開指名）で、最低価格で指名できるとします。

高額馬をきっちり落として賞金を持ち馬に稼いでもらうか。
誰も注目しないような馬を指名してアドバンテージを多くもらうか。
もしくは単独指名に期待して一か八かで高額馬を安い値段で指名してみるか。
あえて入札には参加せず、余った高額馬を見つけて最低価格で指名するか。
それぞれの戦略が成り立つと思います。
（ちなみに「６頭とも入札」で記述しているので「希望枠」を想定している場合は数値を読み替えてください。）